Gakkou Gurashi mengikuti kisah sekelompok siswi SMA yang menjalani hari-hari mereka di sekolah yang sepi akibat wabah zombie. Meskipun situasi mengerikan, mereka berusaha mempertahankan semangat dan kebersamaan sambil beradaptasi dengan keadaan baru yang penuh bahaya. Keempat gadis ini membentuk ikatan yang kuat, saling mendukung, dan mencari cara untuk bertahan hidup di tengah situasi yang menegangkan. Cerita semakin mendalam ketika para karakter harus menghadapi konflik internal dan eksternal, termasuk keraguan, rasa takut, serta kenyataan pahit yang mengancam hidup mereka. Gakkou Gurashi menggambarkan perjuangan bertahan hidup yang dipadukan dengan sisi emosional dan psikologis para gadis yang masih berusaha menggenggam harapan di tengah kehancuran sekitar.