Horimiya mengisahkan kehidupan dua siswa SMA yang tampak sangat berbeda di luar, namun sebenarnya memiliki sisi unik yang tersembunyi. Hori, gadis populer yang rajin mengurus adiknya di rumah, dan Miyamura, cowok pendiam dengan tato dan tindik yang jarang diketahui teman-temannya, bertemu secara tak sengaja dan mulai membuka diri satu sama lain. Seiring waktu, mereka membangun persahabatan yang erat dan saling memahami sisi pribadi masing-masing yang selama ini tersembunyi dari lingkungan sekolah. Cerita ini mengajak pembaca mengeksplorasi pentingnya menerima diri sendiri dan orang lain tanpa menilai dari penampilan semata.