Shinobi Undercover mengisahkan perjalanan seorang ninja muda yang harus menyusup ke sebuah organisasi kriminal untuk mengumpulkan informasi penting sekaligus menjaga identitas aslinya tetap tersembunyi. Dalam perjalanannya, ia menghadapi konflik batin dan beragam rintangan yang menguji kesetiaan dan kemampuannya sebagai seorang shinobi sejati. Sambil menjalankan misi bawah tanahnya, sang protagonis bertemu dengan berbagai karakter yang memperkaya pemahamannya tentang dunia di luar bayangan ninja. Cerita ini menampilkan perpaduan antara aksi cepat, strategi tingkat tinggi, dan drama yang menggugah tentang keberanian dan pengorbanan.