Zero Kill Assassin mengikuti kisah seorang pembunuh bayaran misterius yang dikenal karena keterampilannya yang luar biasa dan kemampuannya menyelesaikan misi tanpa meninggalkan bekas. Dalam perjalanannya, ia harus menghadapi berbagai lawan tangguh sekaligus menyelami masa lalunya yang kelam yang selama ini tersembunyi. Ketika sebuah misi baru menuntunnya ke konspirasi besar yang melibatkan organisasi rahasia dan pengkhianatan dari orang terdekat, Zero Kill Assassin berusaha mengungkap kebenaran sambil menjaga identitas dan nyawanya tetap aman. Pertarungan antara moralitas, balas dendam, dan keadilan menjadi inti cerita yang mendebarkan ini.